Les centres de détention juvénile sont souvent situés dans des locaux pour adultes en désuétude, mal chauffés, mal éclairés et mal ventilés ; beaucoup de ses endroits n’ont pas de locaux éducatifs ou récréatifs. Les conditions sont souvent insalubres et les endroits surpeuplés, laissant les occupants exposés à des malaises et à d’autres problèmes de santé. Les institutions pénitentiaires pour enfants ont rarement des équipements médicaux appropriés et des équipes ou des fournitures médicales. Dans certains cas, le manque d’alimentation nutritive devient de la malnutrition et, dans certains cas extrêmes entraîne la mort. Beaucoup d’enfants détenus dépendent des membres de leur famille pour leurs repas, d’autres doivent payer ou corrompre les autorités pour recevoir une nourriture appropriée et décente.
Les enfants gardés dans des prisons pour adultes ont souvent été la cible d’abus sexuels et physiques de la part des détenus adultes et se retrouvent sous le risque du suicide. Reconnaissant ce fait, les normes internationales établissent expressément que les enfants incarcérés doivent être séparés des adultes. Dans beaucoup de pays, les enfants sont encore toujours détenus avec ceux-ci.
Le gouvernement malawi a été plus loin que beaucoup d’autres pays pour assurer que les enfants sont séparés des adultes. Cependant, certains gardiens de prison corrompus dans la plus grande prison du pays, la prison Zomba, auraient accepté des pots de vin afin de faire entrer frauduleusement de jeunes occupants dans les blocs réservés aux adultes. Certains garçons seraient recrutés dans des cercles de prostitution ou obligés d’accorder des faveurs sexuelles à des détenus plus âgés en échange de nourriture, de couvertures chaudes et de vêtements.
Le centre de détention pour jeunes Panchito Lopez à Asunción au Paraguay tout comme le complexe pour jeunes Imigrantes à São Paulo au Brésil représentent des exemples pour les mauvais traitements et les conditions de détention misérables. Les deux centres ont été le théâtre de scènes d’émeutes de la part d’occupants. Ceux-ci protestaient contre les conditions de surpeuplement et de brutalité. Huit garçons sont morts à Panchito Lopez après que des détenus ont mis le feu à leur cellule le 11 février 2000, à la suite paraît-il de coups sévères administrés par des gardes à certains occupants de la cellule au cours de la nuit précédente. À Imigrantes, 1 648 détenus partagent un espace conçu pour seulement 360 occupants et font l’objet de châtiments arbitraires et humiliants de la part des gardiens. Des conditions aussi horribles ont abouti à des émeutes extrêmement violentes en octobre 1999 au cours desquelles des adolescents ont pris des otages, ont brûlé des matelas et ont blessé des codétenus.
Aux États-Unis, Amnesty International a relevé plusieurs cas de conditions cruelles, inhumaines et dégradantes. À la fin de l’année 1998, 40 états détenaient au moins 3 700 enfants dans des prisons pour adultes sans séparation entre adultes et enfants. En mars 2000, le département de la Justice des États-Unis demanda un ordre d’urgence à un tribunal en vue de faire cesser les mauvais traitements infligés à des enfants au centre de justice pour jeunes Jena en Louisiane. Un mémorandum émis pour soutenir l’injonction note que « des agents de Jena ont frotté les visages des détenus contre des sols en ciment, ont pris les vêtements, ont jeté des jeunes contre des portes, des murs et contre le sol. Ils ont aussi forcé des adolescents à s’accroupir les fesses à l’air tandis que des recherches étaient faites... Il existe des preuves montrant que des agents ont encouragé la violence.
Mais ce ne sont pas seulement les enfants qui résident dans des institutions pénales qui souffrent de conditions cruelles, inhumaines ou dégradantes.
Les orphelinats et d’autres institutions d’état connaissent les mêmes problèmes que les centres de détention pour jeunes, y compris le manque d’argent, le personnel mal formé et sous-payé ainsi que le manque général de ressources. Les enfants qui sont pris en charge par l’état, sont souvent orphelins, abandonnés ou handicapés.