Joseph Bakosoro a été démis de ses fonctions de gouverneur de l’État d’Équatoria occidental en août 2015 par le président Salva Kiir, tout comme les gouverneurs des États de l’Équatoria central (Clement Wani), de Warab (Nyadeng Malek) et du Haut-Nil (Simon Kun Poch).
Tout de suite après sa destitution, Joseph Bakosoro a été détenu pendant cinq jours. D’après ses proches, il a été détenu à la caserne militaire de Giyada, à Djouba, où il a été frappé et où on lui a attaché les bras et les jambes. La raison précise de son arrestation demeure obscure.
Même si Joseph Bakasoro n’a pas été inculpé, sa famille pense qu’il a été arrêté en raison de ses liens présumés avec les Arrow Boys, une force armée locale de défense mise sur pied à l’origine pour protéger les villages contre les attaques de l’Armée de résistance du Seigneur (LRA). Au second semestre 2015, des affrontements croissants ont eu lieu entre ces forces de défense et les éleveurs de bétail Dinkas et les soldats gouvernementaux.
La Constitution de transition du Soudan du Sud, adoptée en 2011, donne au Service national de la sûreté (NSS) la mission de « collecter des informations, de les analyser et de conseiller les autorités compétentes », et fait du service de police civile le seul représentant de l’ordre dans le pays. Malgré cette disposition, le NSS outrepasse depuis longtemps son mandat et exerce des fonctions de maintien de l’ordre.
En octobre 2014, l’Assemblée législative sud-soudanaise s’est prononcée en faveur d’une proposition de loi sur la sécurité nationale. Ce texte confère au NSS de vastes pouvoirs en matière d’arrestation, de détention et de saisie, en l’absence de garanties satisfaisantes contre les abus. Il ne précise pas les lieux de détention autorisés ni ne garantit les droits élémentaires à une procédure régulière, notamment le droit de consulter un avocat ou celui d’être jugé dans un délai raisonnable, pourtant énoncés dans la Constitution de transition. En mars 2015, le ministre de la Justice a annoncé que cette proposition, adoptée par l’Assemblée législative le 8 octobre 2014, avait été promulguée. Cette décision a été prise alors que le texte avait suscité une opposition aux niveaux national et international, n’avait pas été ratifié par le président, était inconstitutionnel et faisait l’objet d’autres opinions défavorables.