Joseph Bangasi Bakosoro a été démis de ses fonctions de gouverneur de l’État d’Équatoria occidental en août 2015 par le président Salva Kiir, tout comme les gouverneurs des États de l’Équatoria central (Clement Wani), de Warab (Nyadeng Malek) et du Haut-Nil (Simon Kun Poch).
Tout de suite après sa destitution, Joseph Bangasi Bakosoro a été incarcéré pendant cinq jours. D’après ses proches, il a été détenu à la caserne militaire de Giyada, à Djouba, où il a été frappé et où on lui a attaché les bras et les jambes. Joseph Bangasi Bakosoro a semble-t-il été arrêté en raison de ses liens présumés avec les Arrow Boys, une force armée locale de défense mise sur pied à l’origine pour protéger les villages contre les attaques de l’Armée de résistance du Seigneur. Au second semestre 2015, les affrontements violents opposant les Arrow Boys à des éleveurs de bétail Dinkas et des soldats gouvernementaux se sont multipliés.
En octobre 2014, une proposition de loi adoptée par l’Assemblée législative sud-soudanaise a conféré au NSS de vastes pouvoirs en matière d’arrestation, de détention et de saisie, en l’absence de garanties satisfaisantes contre les abus. Il ne précise pas les lieux de détention autorisés ni ne garantit les droits élémentaires à une procédure régulière, notamment le droit de consulter un avocat ou celui d’être jugé dans un délai raisonnable, pourtant énoncés dans la Constitution de transition. En mars 2015, le ministre de la Justice a annoncé que cette proposition, adoptée par l’Assemblée législative le 8 octobre 2014, avait été promulguée. Cette décision a été prise alors que le texte avait suscité une opposition aux niveaux national et international, n’avait pas été ratifié par le président, et était inconstitutionnel.
Amnesty International a recommandé à maintes reprises que les pouvoirs du NSS soient limités à la collecte de renseignements, comme prévu par la Constitution provisoire de 2011, qui le charge de « se focaliser sur le recueil et l’analyse d’informations, et sur les activités de conseil des autorités concernées ». Les pouvoirs en matière d’arrestation, de placement en détention, de perquisition, de saisie de biens et de recours à la force doivent être explicitement exclus des compétences du NSS, et exercés par les organes chargés de l’application des lois compétents.