L’APRODH était l’une des organisations de défense des droits humains les plus actives et les plus reconnues du Burundi. Pierre-Claver Mbonimpa, son fondateur et président, a échappé de peu à une tentative d’assassinat en 2015, qui lui a occasionné des blessures engageant son pronostic vital. Le fils et le gendre de Pierre-Claver Mbonimpa ont tous deux été abattus en 2015. Le représentant de l’APRODH dans la province de Gitega, Nestor Nibitanga, a été arrêté en 2017 et condamné en 2018 à cinq ans de prison pour des accusations similaires à celles portées à l’encontre de Tony Germain Nkina. Il a été libéré en avril 2021 à la faveur d’une grâce présidentielle accordée par Évariste Ndayishimiye à plus de 5 000 prisonniers.
Un autre éminent défenseur des droits humains, Germain Rukuki, a été arrêté en 2017 et condamné à 32 ans de prison en 2018 pour des accusations forgées de toutes pièces en lien avec son travail en faveur des droits humains. La cour d’appel a confirmé sa condamnation en 2019, mais la Cour suprême a par la suite annulé cette décision. La cour d’appel a réduit sa sentence à un an de prison en juin 2021. Il a été libéré le même mois.
Les organisations de la société civile et les médias du Burundi comptaient parmi les premières cibles de la répression orchestrée par le gouvernement en 2015.
Le gouvernement a suspendu ou fermé la plupart des organisations de défense des droits humains et des médias indépendants et les a incités à s’exiler. Malgré certaines ouvertures du président Évariste Ndayishimiye en direction des médias en 2021, le gouvernement burundais continue de considérer le travail de défense des droits fondamentaux avec suspicion, et de graves restrictions sur les droits humains, notamment le droit à la liberté d’expression, sont toujours en vigueur.
La plupart des organisations indépendantes qui défendent les droits n’ont pas pu reprendre leurs activités au Burundi, d’autant que les autorités ont délivré des mandats d’arrêt contre de nombreux militants de premier plan en exil. Douze défenseurs des droits humains et journalistes comptaient parmi un groupe de 34 personnes condamnées à la réclusion à perpétuité par contumace en juin 2020 pour leur implication présumée dans une tentative de coup d’État en mai 2015. Le jugement de la Cour suprême n’a pas été rendu public avant février 2021.
L’arrestation ou la détention à titre de sanction pour l’exercice pacifique des droits humains, y compris du droit à la liberté d’expression, est arbitraire et contraire tant à la Charte africaine des droits de l’homme et des peuples qu’au Pacte international relatif aux droits civils et politiques (PIDCP), deux traités auxquels le Burundi est partie. Le Groupe de travail des Nations unies sur la détention arbitraire a statué que les personnes détenues uniquement pour avoir exercé pacifiquement leurs droits humains devaient être immédiatement libérées.
