D’après les informations fournies par le gouvernement, au 2 juillet 2020, on comptait 50 915 cas confirmés de COVID-19 (41 % sur 121 328 personnes testées) et 4 246 morts en Équateur, dont la population s’élève à 17 millions d’habitants.
Selon la Confédération des nationalités indigènes de l’Amazonie équatorienne (CONFENIAE), au 1er juillet 2020, 1 215 cas de COVID-19 avaient été confirmés (45 % des 2 673 personnes testées) au sein des communautés indigènes d’Amazonie équatorienne, parmi lesquels 116 personnes étaient guéries et 25 décédées. En outre, 622 « cas suspects » de personnes présentant des symptômes de COVID-19 avaient été signalés à cette date, dont 12 étaient mortes. Quelque 290 000 autochtones appartenant à 10 peuples indigènes vivent en Amazonie équatorienne.
Les communautés en isolement volontaire ou en contact depuis peu avec l’extérieur pourraient même être menacées d’extinction car leur population est souvent peu nombreuse et leurs défenses immunitaires peuvent être réduites par manque de diversité génétique.
En plus de la pandémie, le 7 avril, un déversement de pétrole provenant des oléoducs du Système d’oléoducs transéquatorien (SOTE), géré par l’entreprise OCP Ecuador, a pollué le Coca et le Napo. Cette catastrophe écologique a eu des conséquences pour l’environnement, l’eau, la nourriture et les moyens de subsistance d’environ 120 000 habitants, dont 27 000 membres de peuples autochtones appartenant principalement aux ethnies kichwa et shuar.
Le 29 avril, un groupe d’organisations de défense des droits des peuples autochtones et des droits humains a engagé une procédure de protection constitutionnelle et demandé des mesures conservatoires au nom des quelque 120 000 personnes touchées par le déversement de pétrole. Cette procédure vise le ministère de l’Énergie et des Ressources naturelles et non renouvelables, le ministère de l’Environnement, celui de la Santé, la compagnie pétrolière nationale Petroecuador et l’entreprise privée OCP. Les requérants ont signalé que le juge chargé de l’affaire avait mis en péril les garanties prévues par la loi en commettant des irrégularités.
Le 22 juin, plusieurs organisations équatoriennes de défense des droits des peuples autochtones et des droits humains ont soumis une contribution au rapporteur spécial des Nations unies sur les droits des peuples autochtones, dans laquelle elles exposent la situation de vulnérabilité des communautés indigènes de l’Équateur face à la pandémie de COVID-19.