Les violences contre les défenseurs des droits humains surveillant et dénonçant la violente répression des manifestations organisées à la suite de l’élection présidentielle ont augmenté, et les défenseurs ont signalé un meurtre, des campagnes de dénigrement, des menaces et des manœuvres d’intimidation à leur encontre.
Des ONG locales ont signalé que beaucoup de militants des droits sociaux, de défenseurs des droits humains et de personnes qui ont activement participé aux manifestations qui ont lieu au Honduras depuis le 29 novembre 2017 ont été victimes de violences physiques, de manœuvres d’intimidation, de harcèlement et de stigmatisation, et que certains de leurs noms apparaissent sur des listes détenues par les forces de sécurité. La Coalition contre l’Impunité a enregistré au moins 63 attaques contre des défenseurs depuis le début de la crise post-électorale.
Le Vaste mouvement pour la dignité et la justice (Movimiento Amplio por la Dignidad y la Justicia, MADJ) a indiqué que les forces de sécurité ont réprimé de manière brutale une manifestation à La Masica, Atlántida, le 16 décembre. Les forces de sécurité ont frappé environ 10 personnes et ont ensuite utilisé des pistolets Taser contre elles, notamment Diego Aguilar López, membre du MADJ, et Wilmer Paredes, collaborateur du MADJ. Le 29 décembre, Wilmer Paredes a demandé des mesures de protection pour les défenseurs des droits humains au Système national de protection, après qu’il eut signalé que des véhicules le suivaient. Wilmer Paredes a été tué par balle par des inconnus le 1er janvier 2018. Le 14 janvier, un flyer a commencé à circuler sur les réseaux sociaux, accusant les dirigeants du MADJ, Martín et Víctor Fernández, d’être responsables du meurtre de Wilmer Paredes.
Le 30 décembre 2017, Ismael Moreno Coto, le directeur de la station de radio indépendante Radio Progreso, et l’Équipe de communication, d’investigation et de réflexion (Equipo de Reflexión, Investigación y Comunicación de la Compañía de Jesús en Honduras, ERIC-SJ) ont signalé qu’il était victime d’une campagne de dénigrement. Son nom et sa photo ont été inclus, avec ceux des militants des droits sociaux Karina Flores et Araminta Pereira et de six autres défenseurs, dans un flyer intitulé « L’axe du mal » d’El Progreso, qui les accuse de violence et d’implication dans le crime organisé. En décembre, le Système national de protection a refusé d’accorder des mesures de protection à Joaquín Mejía, chercheur de l’ERIC-SJ.
Le 12 janvier 2018, les forces de sécurité ont harcelé plusieurs journalistes qui couvraient une manifestation à Tegucigalpa, la capitale, et les ont violemment forcés à quitter la zone. Deux journalistes d’UNE TV ont été blessés. D’après l’ONG C-Libre, une autre journaliste d’UNE TV a signalé plusieurs incidents de sécurité depuis décembre, notamment des menaces de mort et du gaz lacrymogène jeté dans sa maison pendant la nuit.