Le fils de Flor Hilda Hernández, Elkin Gustavo Verano Hernández, a été victime d’une disparition forcée dans la municipalité de Soacha le 13 janvier 2008. Il a été exécuté de manière extrajudiciaire le 15 janvier 2008 dans le quartier de La Soledad dans la municipalité d’Abrego, (département de Norte de Santander), par des troupes appartenant au Bataillon d’Infanterie No 15 « Général Francisco de Paula Santander ». Son corps a, par la suite, été retrouvé à Ocaña. Le Bureau régional du Procureur Général d’Ocaña, (Fiscalía Primera Seccional de Ocaña) a confié l’enquête pénale sur ce cas au système de justice militaire, à savoir pour le Juge 37 du Système de Justice Militaire, (Juez 37 de Instrucción Penal Militar). Cependant, cette affaire a, par la suite, été confiée à l’Unité des droits humains et du droit international humanitaire du Procureur Général.
Les cas de violations des droits humains commises par les forces de sécurité ont, régulièrement, été traités par le système de justice militaire, ce qui a conduit à une situation dans laquelle le système de justice civil a été contraint de revendiquer sa compétence en faisant appel au Conseil supérieur de la magistrature (Consejo Superior de la Judicatura ). À d’autres occasions, le système de justice civil a simplement remis ce type d’affaires au système de justice militaire, malgré la jurisprudence de la Cour Constitutionnelle qui précisait que les cas de violations de droits humains devaient être exclus de la compétence des tribunaux militaires. Il est préoccupant de constater que le système de justice militaire a continué de tenter de s’assurer la compétence sur ce cas malgré la jurisprudence colombienne relative aux limites de la compétence de la justice militaire.
Les poursuites judiciaires engagées dans cette affaire n’ont, cependant, progressé que lentement. Fin novembre 2009, un des accusés, le Colonel Àlvaro Diego Tamayo Hoyos, a cherché à faire en sorte que l’affaire engagée contre lui, relative à l’assassinat d’Elkin Gustavo Verano Hernández, soit jointe aux chefs d’accusations portés contre lui dans le cas de l’exécution extrajudiciaire de Fair Leonardo Porras Bernal. En avril 2011, les audiences préliminaires du procès sur l’assassinat d’Elkin Gustavo Verano n’avaient pas été achevées.
Le téléphone portable et l’agenda de Flor Hilda Hernández ont été volés, respectivement le 15 août et le 20 septembre 2009. Ils contenaient les coordonnées de personnes et d’organisations qui l’avaient aidée à signaler le meurtre de son fils commis par l’armée.
Quelque temps plus tard alors qu’elle voyageait en autobus, Flor Hilda a entendu un homme et une femme qui disaient que les jeunes gens de Soacha étaient « des drogués qui avaient mérité ce qu’ils ont obtenu », (« bazuqueros, marihuaneros, que bien se lo tenían merecido »). « ) Flor Hilda est intervenue dans la conversation et l’homme et la femme lui ont dit qu’ils savaient qui elle était. Plus tard, alors qu’elle attendait un autre autobus, un véhicule funéraire s’est arrêté à côté d’elle et le conducteur lui a dit de monter à bord du véhicule ; elle a refusé et est montée à bord d’un autre autobus, qui a été suivi durant quelque temps par le conducteur du véhicule funéraire.