Le 26 juin 2016 à 10 heures du matin, la police militaire sud-soudanaise s’est rendue au domicile d’Elias Waya Nyipuoch, dans le quartier de Rock City, avec une lettre signée du chef d’état-major, le lieutenant-général Paul Malong, qui ordonnait son arrestation. Elle l’a arrêté et placé en détention dans une cellule du camp militaire de Giyada, à Djouba, où il est resté jusqu’à son transfert au quartier général de l’armée, à Bilpam, le 23 octobre 2016.
Elias Waya Nyipuoch est lieutenant-général dans l’armée du Soudan du Sud. Il s’est battu aux côtés du Mouvement/Armée populaire de libération du Soudan (MPLS/APLS) pendant la guerre civile qui a déchiré le Soudan de 1983 à 2005. En 2012, il a quitté le service actif et a rejoint les rangs des réservistes. Après que les frontières administratives du Soudan du Sud ont été modifiées de manière à créer 18 États supplémentaires, le président Salva Kiir a nommé Elias Waya Nyipuoch gouverneur du nouvel État de Wau, le 24 décembre 2015.
Entre les 24 et 26 juin 2016, la ville de Wau a été le théâtre d’intenses combats, qui ont détruit des biens civils, fait plusieurs morts et entraîné le déplacement de dizaines de milliers de personnes. Dans son rapport, une commission créée par le président Salva Kiir pour enquêter sur les affrontements a signalé une « absence totale de confiance » entre les organes chargés de la sûreté de l’État et Elias Waya Nyipuoch, sans toutefois démontrer que cet homme avait joué un rôle dans les violences.
Amnesty International a recueilli des informations sur de nombreux cas de détention arbitraire et d’actes de torture ayant eu lieu au camp militaire de Giyada et au quartier général de l’armée depuis le début du conflit armé au Soudan du Sud, en décembre 2013.
