Le 1er novembre 2018, Aisha el Shater et son époux Mohamed Abo Horeira ont été arrêtés chez eux à Nasr City, au Caire. Amnesty International a appris qu’Aisha el Shater a été soumise à une disparition forcée pendant 20 jours, période durant laquelle elle a été détenue au siège de l’Agence de sécurité nationale dans le quartier d’Abbasiya, au Caire, et a subi des coups et des décharges électriques. Le 21 novembre 2018, elle a comparu devant le service du procureur général de la sûreté de l’État, qui a ordonné son placement en détention provisoire dans l’attente des conclusions d’une enquête pour des accusations liées au terrorisme.
Avant son arrestation, elle avait abordé sur son compte Facebook la question des violations des droits humains commises en Égypte, notamment des disparitions forcées, des actes de torture et des autres formes de mauvais traitements. Avant d’être arrêté, l’avocat Mohamed Abo Horeira avait représenté des détenus soupçonnés d’être membres des Frères musulmans. Après son arrestation, il a été détenu pendant près de quatre mois dans un lieu tenu secret où il a subi des menaces et reçu des coups sur la tête alors qu’il était menotté et qu’il avait les yeux bandés.
Le 1er novembre 2018, à la suite de l’arrestation d’Aisha el Shater, de Mohamed Abo Horeira et de 28 autres défenseur·e·s des droits humains et avocats, la Coordination égyptienne pour les droits et les libertés (ECRF), qui recueillait des informations sur les disparitions forcées et le recours à la peine de mort, et qui apportait une aide juridique aux victimes, a annoncé la suspension de ses activités de défense des droits humains.
Les responsables de la prison pour femmes d’al Qanater ont placé Aisha el Shater à l’isolement dans une petite cellule mal aérée et sans toilettes, de janvier 2019 à décembre 2020. Aisha el Shater souffre d’anémie aplasique, une maladie rare et grave qui affecte le sang et accroît le risque d’infections et de saignements abondants. Malgré cela, les autorités l’empêchent de recevoir des soins médicaux adéquats et spécialisés dans un hôpital extérieur à la prison. Son état de santé s’est dégradé en détention et elle a été admise, les menottes aux poignets, pour des saignements importants, à deux reprises en octobre 2019 à l’hôpital de Qasr al Aïni, où elle a reçu une transfusion de plaquettes. Lors de l’audience du 15 mai 2022, la cour de sûreté de l’État a ordonné qu’Aisha el Shater soit examinée par un comité de trois médecins chargés de se prononcer sur la nécessité pour elle de recevoir un traitement en dehors de la prison. Comme il lui est interdit de communiquer avec le monde extérieur, ni sa famille ni ses avocats n’ont su si cet examen avait eu lieu.
Le 25 octobre 2021, le président Abdel Fattah al Sissi a annoncé qu’il ne prolongerait pas l’état d’urgence, en vigueur depuis 2017, qui avait permis la création des cours de sûreté de l’État. L’article 19 de la Loi relative à l’état d’urgence dispose que les procès engagés au titre de cette loi devront suivre leur cours même après la levée de ce régime d’exception. Les procédures qui se déroulent devant les cours de sûreté de l’État sont intrinsèquement iniques. Les personnes condamnées se voient dénier le droit de faire appel de la déclaration de culpabilité et de la peine devant une juridiction supérieure indépendante. Seul le président égyptien est habilité à confirmer, annuler ou commuer les peines prononcées, ou à ordonner la tenue d’un nouveau procès. Pendant toute la durée de l’enquête et du procès, qui s’est ouvert le 11 septembre 2022, les personnes mises en accusation dans « l’affaire CEDL » n’ont pas été autorisées à s’entretenir en privé avec leurs avocat·e·s.
Plusieurs de ces personnes ont été interrogées par le parquet de la cour de sûreté de l’État en l’absence de leur avocat·e. Les audiences se sont tenues de façon secrète dans le complexe carcéral de Badr. Les observateurs·trices, le public et les proches des accusé·e·s n’ont pas été autorisés à assister aux audiences. Des avocat·e·s ont également indiqué n’avoir pas été autorisés à consulter le dossier de leurs client·e pendant l’enquête. Ils ont également déclaré que la cour s’est appuyée sur les témoignages de membres de l’Agence de sécurité nationale, qui ont été acceptés sans contre-interrogatoire, et qu’elle n’a pas permis à toutes les personnes mises en accusation de prendre la parole lors des audiences.
Le père d’Aisha el Shater, Khairat el Shater, est incarcéré depuis juillet 2013, lorsque l’armée a renversé l’ancien président Mohamed Morsi. Depuis lors, les autorités ont interdit le mouvement des Frères musulmans, et appréhendé et poursuivi ses leaders et des dizaines de milliers de membres et sympathisant·e·s présumés.