Johan Teterissa a été arrêté le 29 juin 2007 après avoir participé, de même que 21 autres militants politiques, à une manifestation pacifique devant le président indonésien Susilo Bambang Yudhoyono, qui assistait à une cérémonie d’État à Amboine, la capitale des Moluques. Pendant la cérémonie, Johan Teterissa a entraîné sur le terrain d’autres militants, pour la plupart des enseignants et des paysans, et ils ont effectué une danse guerrière traditionnelle devant le président. À la fin de la danse, ils ont déployé le « Benang Raja », un drapeau régional interdit.
Johan Teterissa et 21 militants ont été escortés hors du terrain par des policiers et des membres de la garde présidentielle, qui leur ont donné des coups de poing et les ont frappés avec la crosse de leurs fusils une fois hors de la vue du président. Ils ont ensuite été torturés pendant leur détention et leurs interrogatoires par la police, notamment par des agents du Détachement spécial 88 (Densus-88, une unité antiterroriste). Ils ont été battus, contraints de ramper sur du bitume chaud et fouettés avec des câbles électriques, et on leur a enfoncé des boules de billard dans la bouche. À ce jour, aucune enquête indépendante n’a été menée sur les signalements de torture et aucun des policiers impliqués n’a été amené à rendre des comptes.
Johan Teterissa et les autres militants ont finalement été inculpés de « rébellion » (makar) aux termes des articles 106 et 110 du Code pénal indonésien, qui sont souvent utilisés par les autorités indonésiennes pour poursuivre et emprisonner des militants politiques pacifiques. Le 4 avril 2008, Johan Teterissa a été condamné à la réclusion à perpétuité en première instance. Trois mois plus tard, sa peine a été ramenée à 15 ans à l’issue d’un procès en appel. Les 21 autres militants ont été sanctionnés par des peines allant de sept à 20 ans de prison. Une vingt-troisième personne a été arrêtée en juin 2008 et condamnée à quatre années d’emprisonnement en mars 2009.
Johan Teterissa est actuellement incarcéré à plus de 1 600 km de sa famille, qui vit aux Moluques. Il a expliqué à ses avocats qu’il souhaitait être conduit dans une prison qui soit moins éloignée de ses proches. En mars 2009, il avait été emmené de la prison d’Amboine, aux Moluques, à celle de Lowokwaru, dans la province de Java oriental. Le 5 juillet 2011, il a été une nouvelle fois transféré, cette fois vers la prison de Madiun, toujours dans la province de Java oriental. Après un nouveau transfert le 21 juillet 2013, il se trouve désormais à la prison de Batu, sur l’île de Nusa Kambangan. Peu après son arrivée sur place, des gardiens de prison lui ont donné des coups de pied et l’ont battu. Ils l’ont notamment frappé au dos avec des câbles électriques jusqu’à ce qu’il saigne.
En novembre 2008, le Groupe de travail des Nations unies sur la détention arbitraire a estimé que Johan Teterissa était détenu arbitrairement dans la mesure où il était emprisonné pour avoir exercé ses droits à la liberté d’expression et de réunion pacifique (avis n° 41/2008 - Indonésie). Ces droits sont garantis par le Pacte international relatif aux droits civils et politiques (PIDCP), auquel l’Indonésie est partie, et par la Constitution indonésienne. Le Groupe de travail a également conclu que la détention de Johan Teterissa était arbitraire car celui-ci avait été jugé de façon inique. L’article 14 du PIDCP garantit en effet le droit de faire entendre sa cause équitablement et publiquement par un tribunal compétent, indépendant et impartial, établi par la loi.
Conformément à sa ligne de conduite mondiale, Amnesty International ne prend pas position sur le statut politique des provinces d’Indonésie, ni sur les appels à l’indépendance. Elle estime toutefois que le droit à la liberté d’expression comprend le droit de plaider pacifiquement en faveur de référendums, de l’indépendance ou de toute autre solution politique n’impliquant pas d’incitation à la discrimination, à l’hostilité ou à la violence.