Depuis le début du conflit armé interne au Soudan du Sud en décembre 2013, des centaines de personnes, pour la plupart des hommes, sont détenues sous l’autorité du Service national de la sûreté (NSS) et de la Direction du renseignement militaire dans divers centres de détention à travers la capitale, Djouba. Nombre d’entre elles sont incarcérées dans la catégorie « prisonniers politiques » car elles sont accusées d’avoir communiqué avec l’opposition ou de l’avoir soutenue.
Amnesty International a recueilli des informations sur de nombreux cas de détention arbitraire par le NSS dans divers centres, où les détenus sont souvent victimes d’actes de torture ou d’autres mauvais traitements – certains sont détenus au secret sans pouvoir consulter un avocat ni communiquer avec leurs proches. D’autres ont été victimes de disparition forcée. Dans les centres de détention du NSS, les détenus consomment souvent des aliments peu variés (haricots et ugali) et la plupart d’entre eux dorment par terre. Certains sont roués de coups, en particulier pendant les interrogatoires ou à titre punitif. En raison des mauvaises conditions de vie dans les prisons, ainsi que d’un accès insatisfaisant aux soins médicaux, la santé des détenus se détériore bien souvent.
Détention prolongée et arbitraire, disparitions forcées et torture et autres mauvais traitements sont fréquemment employés par les autorités au Soudan du Sud depuis que le conflit a éclaté en décembre 2013. Toutefois, il semble que ceux qui sont perçus comme affiliés à l’opposition soient de plus en plus ciblés depuis les affrontements entre les forces du gouvernement et de l’opposition à Djouba en juillet 2016, dans le cadre de la campagne anti-insurrectionnelle de plus en plus virulente menée par le gouvernement contre ses opposants réels ou présumés.
Au Soudan du Sud, l’environnement politique tolère de moins en moins la critique des actions et des politiques du gouvernement, ce qui se traduit par l’intimidation, le harcèlement et la détention de militants de la société civile, de défenseurs des droits humains et de journalistes indépendants. Cela a engendré un climat d’autocensure parmi les médias et les défenseurs des droits humains où, du fait d’une surveillance d’État omniprésente, les gens ne se sentent plus assez en sécurité pour parler librement et ouvertement du conflit qui déchire le pays.